求教：关于项目开发中是分多个module好还是多个入口文件好 [ 新手入门 ]

如标题所示：

在项目实际开发中，大家是如何规划项目目录结构的，一般是把多个应用分为不同的module还是写多个入口文件（比如后台的入口可以是admin.php，然后在通过此文件创建另外的CWebApplication），有没有什么知道原则？他们的利弊是什么？哪个好心人可以给个建议不？谢谢了……